وی در ۲۹ آذر ۱۳۸۵ در بیمارستان هاشمی نژاد تهران درگذشت و در زادگاهش، بندرعباس به خاک سپرده شد. دلیل مرگ وی هرگز اعلام نشد و همچنان در ابهام است.
(بعد از مرگ وی او را اسطوره موسیقی پاپ ایران مینامند)[۲][۳] مجری مراسم در مراسم سومین سالروز ناصریا ادعا کرد ناصر عبداللهی به قتل رسیده بود. [۴]
محمد علی چاووشی (رئیس موسسه «مشکات»، رئیس استودیو بل و همچنین رئیس اسبق صنف تولیدات محصولات شنیداری) در گفت و گو با پایگاه خبری تابناک گفته است: "من از آقای دکتر امیدوار رضایی، رئیس کمیسیون بهداشت و درمان مجلس شورای اسلامی خواهش کردم (چون ایشان فوق تخصص مغز و اعصاب هستند) که تشریف بیاورند که شاید بتوانند این جوان را از مرگ نجات بدهند. ایشان تشریف آوردند. معاینه کردند، مدارک و پرونده پزشکی را دیدند به من گفتند فلانی اینی که گفتند ایشان مسموم شده، ایشان مواد مخدر مصرف کرده مطلقا در پرونده ایشون وجود نداره. ایشون ضربه خورده. این صدمه که مغز ایشون پیدا کرده به دلیل اصابت ضربه‌ای است. این آثار کبودی که در صورت وی در عکس‌ها مشخص است به همین دلیل است. من هم با توجه به نظر یک متخصص پزشکی وقتی گقتند ناصر رو زدند از اقوام پیرامون ایشان سوال کردم که مگه کسی ایشون رو زده؟ گفتند بله و ماجرایش هم مفصل است. گفتم چرا؟ گقتند به خاطر همین تغییرات فکری و عقیدتی که پیدا کرده بود خیلی‌ها از دستش ناراحت بودند".[۵]
